Nonlinear Dynamics Analysis Prodigy

Oprogramowanie do systemów dokumentacji 2D Progenesis - LC-MS, SameSpots, MALDI

Oprogramowanie Progenesis oferuje funkcje pokrywające zastosowanie w analizie żeli 2D oraz w wyszukiwaniu i porównywaniu danych z wielu analiz (Data Mining) oraz w aplikacjach Mass Spec włączając funkcje odkrywania biomarkerów.

Do zastosowań w odkrywaniu biomarkerów proteinowych zapraszamy do zapoznania się z oprogramowaniem Progenesis LC-MS które pozwala na obróbkę i porównywanie śladów Mass Spec z różnych próbek i procesów.

Import danych – popularne formaty: mzXML, Waters.RA, Thermo.RAW, Agilent.d oraz NetCdf. Peak modelowania danych i zmniejszenie redukcji rozmiarów plików bez utraty jakości. Można importować, przeglądać i analizować pojedyncze pliki danych LC-MS i szybko tworzyć listę integracji dla ukierunkowanych LC-MS/MS.

Wyrównywanie danych – automatyczne dostosowanie czasu retencji pozwala na stworzenie jednej zagregowanej, zawierającej wszystkie jony białek z badanego procesu.

Wykrywanie i oznaczanie ilościowe – wykrytamapa funkcji jest generowana z zagregowanej zawierającej wszystkie jony peptydowe w badanym procesie. Następnie funkcje są zestawiane z poszczególnymi etapami procesu w celu wykrycia i oznaczenia ilościowego białek. Czułość wykrywania można regulować, a minimalne okno czasowe retencji można dowolnie ustawić, tak, aby białka wypłukiwane w krótszym czasie, niż ustawiony, były automatycznie odrzucane. Zapewnia to pełną kontrolę nad procesem wykrywania.

Zaawansowany algorytm wykrywania wychwytuje kompleks próbek i rozpoznaje, które z nich są na siebie nałożone. Jest również w stanie rozróżnić prawidłowo rozłożone jony białek od smug tych jonów. Końcowym wynikiem jest bardzo dokładna detekcja, co skraca czas dalszej pracy oraz wygenerowany komplet zbiorów danych zawierający brakujące wartości, które pozwalają uwiarygodnić wyniki wielowymiarowych narzędzi statystycznych.

Oprogramowanie SameSpots – unikalny analizator. Obrazy po przejściu procesu oceny jakości, pomogą zoptymalizować zachowany obraz, co pozwoli na jego dokładną analizę. Histogram intensywności obrazu zapewnia informację zwrotną na temat poziomu intensywności i zakresu dynamiki każdego z zachowanych obrazów. Wszelkie błędy pozycjonowania wprowadzone podczas skanowania można skorygować za pomocą wbudowanych narzędzi (przerzucanie, odwracanie, obrót itp.) bez potrzeby przerywania analizy. Zdjęcia także mogą zostać przycięte przed przystąpieniem do analizy.

To proste w obsłudze narzędzie wizualne pozwala jednocześnie na bardzo zaawansowane i automatyczne dostosowywanie analizowanych obrazów. Wynik jest dokładnie, ze 100% precyzją, dopasowywany na poziomie pojedynczych pikseli, bez straty na jakości obrazu.

Kontrola parametrów detekcji – można dokonywać wyboru zdjęć tworzących zarys mapy SameSpots – wszystkie te obrazy ostatecznie są mierzone w ramach eksperymentu. Pozwala to na kontrolowanie procesu wykrywania i usuwania zdjęć z części procesu, którym zarządza użytkownik.

Automatyczna analiza – ułatwia kompletną analizę całego eksperymentu w łatwym i szybkim kroku, zajmującym jedynie minutę dla analizy jednego żelu. Ten niezwykle szybki proces zawiera wykrywanie, odcinanie tła, normalizację i dopasowanie.

Filtrowanie – pozwala nausunięcie artefaktów z obrazu analizowanego, na podstawie znormalizowanych wielkości lub powierzchni na miejscu i zaoszczędzić czas na etapie przeglądania. Można też wybrać obszary żelu do filtrowania, np. uszkodzonego obszaru, zakłóceń, plam na krawędzi żelu lub plam na płycie skanera.

Wyniki przeglądu - można sprawdzić statystycznie opracowaną listę spotów dla wszystkich zaprojektowanych eksperymentów. Nadawany jest numer identyfikacyjny ułatwiający odszukanie danego eksperymentu i powrót do zadanych parametrów, jeśli z jakiegoś powodu uległy wcześniej zmianie. W większości przypadków nie jest wymagana edycja analizowanych obrazów w trakcie korzystania z programu Progenesis SameSpots, co czyni ten program najbardziej dopasowanym programem 2D dostępnym  na rynku.

Oprogramowanie Progenesis MALDI – analizator pracy.

Progenesis MALDI jest łatwą w użyciu aplikacją, która daje wysoką jakość danych proteomicznych dla wykrywania biomarkerów za pomocą analizy MALDI-TOF lub SELDI.

Wykrywanie i weryfikacja biomarkerów jest utrudnione między innymi przez kompleksy frakcjonowania i wzbogacania trudnych do analizy związków o niskim poziomie oraz próbki, które mogą być bogate w białka.

Dynamika nieliniowa współpracuje ściśle z Shimadzu w celu integracji Progenesis MALDI z Nanotrap™ Biomarker Discovery Platform. Ta niedawno stworzona platforma oferuje naukowcom proste rozwiązania złożonych problemów, jak możliwość wzbogacenia, zachowania i wykrywania biomarkerów z kompleksu próbek biologicznych.