Totallab Phoretix

Oprogramowanie Phoretix 1D oferuje analizę żeli zgodną z założeniami GLP. Oprogramowanie pozwala na załadowanie obrazów żeli w formacie TIF o skali szarości 8 - 16 bitów ze wszystkich znanych urządzeń obrazujących (kamery CCD, skanery, imagery). Pozwala ono na pełną analizę danych nawet z żeli o bardzo zniekształconej geometrii. Wyniki można sprawdzić z pomocą szeregu narzędzi do wizualizacji, które są przydatne do dalszej analizy danych. Podczas projektowania tego pakietu programiści dołożyli wielu starań, aby program był ergonomiczny i łatwy w użyciu przy zachowaniu jasnej i przejrzystej struktury nawigowania poprzez funkcje wielopoziomowego menu.

 Funkcje oprogramowania 1D – Phoretix 1D:

• Kalibracja intensywności skali szarości
• Analiza trzech typów żeli
• Pełna automatyczna detekcja wraz z korekcją szerokości linii i geometrii żelu
• Ręczna detekcja linii i ręczna korekcja ich geometrii
• Odejmowanie tła wg różnych algorytmów detekcji tła
• Automatyczna i ręczna detekcja prążków
• Obliczenia mas molekularnych według jednego lub wielu standardów
• Kalibracja Rf (ważne dla porównań pomiędzy różnymi żelami)
• Normalizacja wg trzech różnych metod
• Obliczenia ilościowe (dopasowanie rzeczywistych mas dowolnego prążka do prążków wzorcowych umieszczonych na jednej linii) 
• Korelacje prążków (dopasowanie porównywanych prążków np. RFPL, serie rozcieńczeń) na podstawie pozycji prążka, wartości Rf, MW lub ustawień ręcznych 
• Tworzenie przypisów
• Wybiórcze funkcje drukowania i raporty wg GLP
• Eksport obrazów z analizy i tabel z danymi poprzez schowek systemowy. Eksport protokołów jako plików *rtf (rich text format)
• System nawigowania pomiędzy plikami oraz system nawigowania w trakcie eksperymentu
• Przechowywania różnych protokołów analizy w celu automatycznej analizy serii żeli
  
  

Oprogramowanie Phoretix 1D Pro - oferuje zgodną z praktyką GLP funkcjonalność bazy danych rozproszonych żeli 1D oraz ich pełne porównanie. Oprogramowanie pozwala na porównywanie wszystkich linii, żeli i ich pochodnych w poszukiwaniu struktur prążków w zależności od wybranej charakterystyki prążka (analiza RFLP). Oprogramowanie pozwala również na pracę z bibliotekami żeli (np. struktury referencyjne) oraz z dendrogramami (drzewa relacji). Wymogiem pracy z programem Phoretix 1D Pro jest przeanalizowanie żelu za pomocą programu Phoretix 1D.

 Funkcje oprogramowania Phoretix 1D:

• Bezpośredni transfer danych z programu Phoretix 1D
• Archiwizacja w strukturze hierarchicznej oraz administrowanie danymi z eksperymentów na żelach 1D, danych na temat żeli i linii umieszczonych w jednej lub więcej bazach danych
• Wydajne funkcje wyszukiwania według różnych parametrów (nazw wzorów, opisów, komentarzy, pozycji prążków, kryteriów ilościowych, wartości rf, mas molekularnych)
• Tworzenie bibliotek referencyjnych
• Porównywanie pozycji prążków lub ich charakterystyki ilościowej wg definiowalnych kryteriów
• Wybór współczynników korelacji do analizy (Dice, Pearson, Jaccard)
• Ustawianie współczynnika tolerancji w procentach dla funkcji porównywania
• Tworzenie dendrogramów (Neighbour Joining, UPGMA, Single Linkage, Complete Linkage, Ward) w oparciu o porównanie zależne od parametrów definiowanych dowolnie grup linii
• Poszukiwanie modeli linii lub struktur referencyjnych (analogicznie do: "genetic fingerprint")
• Wyświetlanie wyników poszukiwań w formie tabelarycznej jako linia lub profil (densytogram)
• Funkcje raportowania
• Funkcje drukowania wraz z drukiem raportów zgodnych z GLP
• Eksport obrazów i tabel z danymi poprzez schowek systemowy. Eksport protokołów jako plików rtf (rich text format)
• System nawigowania pomiędzy plikami oraz system nawigowania w trakcie eksperymentu
  
  

Oprogramowanie Phoretix 1D 21CFR - przeznaczone jest dla laboratoriów, w których niezbędne jest zapewnienie wysokiego poziomu zabezpieczenia danych. Umożliwia stosowanie bezpiecznych logowań, podpis elektroniczny, ścieżki audytu z pełną integralnością i bezpieczeństwem danych.